Ганондорф похитил принцессу Зельду, чтобы заполучить часть трифорса, запечатанную в ее душе. Параллельно с этим далеко в будущем храбрая Линкл приходи...

История повествует о потерявшем память при неизвестных обстоятельствах рыбаке. Он не помнит что произошло, но что-то тянет его каждый день на скалисты...